В новой редакции  программы предложено увеличить общее финансирование программы до 12,8 трлн рублей.

Действующая на данный момент редакция  предполагала объем финансирования в 12,2 трлн рублей, которые включали 6,8 трлн рублей из федерального бюджета, 5,2 трлн рублей из  внебюджетных источников, остальные средства поступали из Фонда национального благосостояния (150 млрд рублей) и  региональных бюджетов (58 млрд рублей).  

Корректировка в 600 млрд рублей предполагается за счет федерального и регионального бюджетов. Внутри программы  средства также перераспределятся. Так, на «Магистральный железнодорожный транспорт» из федерального бюджета предлагают выделить 572 млрд рублей вместо 413,4 млрд рублей, а на «Дорожное хозяйство» - 2,2 трлн руб. вместо 1,9 трлн руб. В свою очередь, на «Развитие гражданского использования системы ГЛОНАСС» Минтранс предлагает выделить на 300 млн рублей больше - 5,3 млрд рублей.

Изменился и ряд задач, поставленных перед отраслью. В нынешней редакции уровень «транспортной подвижности» населения (среднее количество поездок на транспорте,  приходящееся в год на одного жителя) к 2020 году должен увеличиться на 56,6%, а в предлагаемой редакции этот показатель снижен 40,9%. Объем перевозок на  железнодорожном транспорте должен вырасти в 1,2, а не в 1,4 раза. В свою очередь, автомобильных дорог федерального значения до 2020 года должно быть построено 6,5 тыс. км,  что на 100 км меньше, чем запланировано сейчас.